A FCTH também fornece apoio administrativo à USP e ao DAEE, garantindo a continuidade do processo iniciado nos anos cinquenta com o desenvolvimento do laboratório de hidráulica da EPUSP, e, posteriormente com a criação do Centro Tecnológico de Hidráulica e Recursos Hídricos – CTH, Diretoria do DAEE.

O estreito relacionamento com a EPUSP vem permitindo o contínuo aprimoramento do seu corpo técnico científico, através da realização de pesquisas conjuntas e da participação maciça de técnicos da FCTH nos programas de mestrado e doutorado da USP.

Na área de pesquisa, a FCTH procura assegurar o apoio indispensável à geração de trabalhos científicos, incentivando seus técnicos no desenvolvimento das suas carreiras acadêmicas e profissionais. Este apoio é estendido a alunos dos cursos de graduação e pós-graduação da EPUSP.

A direção da FCTH é exercida pelo Conselho Curador e pela Diretoria Executiva, contando ainda com um Conselho Fiscal e um Conselho Consultivo.